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Im „Kalkteil“ der Seewanne steilen die Ufer sehr rasch in große Tiefe, sodass sich hier ein sauberer u-förmiger Querschnitt ergibt, im Nordteil, der „Sandsteinzone“, sind vielfach gut entwickelte Uferbänke im Wasser zu erkennen. Namentlich der Nordwestteil ist seicht und folgt anderen Gesetzmäßigkeiten als der tiefe Süden. Im Bereich der Toskana-Halbinsel weist er bis zur Bucht von Altmünster einen sublimnischen Moränenhügel auf. Eine weitere, spezielle Untiefe liegt vor dem Hollereck, einem beliebten Laichplatz verschiedener Fischarten. Eine eigene Laich-Buchtenbeschreibung aus dem 19. Jahrhundert ist leider verloren gegangen. Der ursprüngliche Schilfbestand ist bis auf kleinere Zonen bei Ort, Altmünster, dem Hollereck und in Winkel weitgehend nicht mehr vorhanden.
Gewässerkunde: Das Hauptgewässer ist der Traunsee, sein Hauptzufluss die Obere Traun (vorrömisch: laufendes Wasser), der Hauptabfluss die Untere Traun. Es gibt aber auch unterlimnische, von Niederschlägen gespeiste, starke Quellen beim Traunstein infolge dessen Karstcharakters. Bis in das Mittelalter floss die Traun zwischen Katarakten aus dem See, daher auch der Name Gmunden (Gemünden). Ost- und westseitig verlaufen kleinere Gerinne von den Wasserscheiden zum See. Ihre Zuflussmengen sind aber im Vergleich zur Traun gering.
Der Traunsee selbst ist in seiner Chemie „mittelhart“ und bis in große, kalte Tiefen sauerstofferfüllt. Biologisch gehört er zu den kalten Voralpenseen vom Typus „Renkensee“. In den siebziger Jahren erfolgte der Bau verschiedener regionaler und kommunaler Kläranlagen, welche die Nährstoffzufuhr verringert haben. Zuletzt kam es 1929, anfangs der vierziger Jahre und 1963 zu einem gesamtheitlichen Zufrieren des Sees. Der Traunsee ist naturwissenschaftlich seit dem 19. Jahrhundert (erstmals 1812) untersucht worden und zählt zu den naturkundlich am besten aufgearbeitetsten Seen Europas. Erste Arbeiten betrafen Wasserthermik und Profilaufnahmen. Letzte Untersuchungen liegen erst aus den letzten Jahren in großer Vielzahl auf fischereibiologischem Bereich vor.
Die Ufervegetation an der Ostflanke des Sees stellt als Besonderheit ein Refugium älterer Pflanzengesellschaften dar, darunter Linden-Reliktwälder. Auf der anderen Seeseite ist dagegen das Hollereck oder Höller-Eck als letzte natürliche Buchtuferlinie für die lokale Flora (Laichkräuter, Seebinse, Schilf) und Vogelwelt unersetzlich.
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